La Gestión Administrativa es responsabilidad de la  Administración General de AHPROCAFE, Coordina la planificación, organización, dirección y control del desempeño institucional, gestiona las relaciones interinstitucionales y las alianzas estratégicas.

El Área de Desarrollo Gremial es responsabilidad de la División de Desarrollo Gremial (DIDEG). administra los procesos de afiliación organización, funcionamiento  y formación gremial del liderazgo de AHPROCAFE, promoviendo la igualdad de género y la juventud en la coparticipación política gremial.

El Área de Desarrollo Sociocultural de AHPROCAFE la dirige La Fundación para el Desarrollo de las Comunidades Cafetaleras de AHPROCAFE. FUNDA-AHPROCAFE gerencia los procesos de desarrollo para la mejora de las condiciones de vida bajo un enfoque de sostenibilidad social, económico y ambiental de la comunidad cafetalera.

El Área de Desarrollo Cooperativo es dirigida por la División de Desarrollo Cooperativo (DIDECOOP), administrando la afiliación de cooperativas cafetaleras, su vigencia, y formación cooperativista y acompaña su gestión empresarial, al igual que apoya a las Cajas Rurales nacidas dentro del liderazgo gremial de AHPROCAFE.

El Área de Gestión Empresarial de AHPROCAFE esta bajo la dirección de la Caja de Ahorro y Crédito  AHPROCAFE (CAJA-AHPROCAFE), impulsa la sostenibilidad cafetalera mediante la promoción del emprendimiento empresarial desarrollando iniciativas comerciales y financieras amigables con el sector productor de café.